FSC-vaatimukset voivat vaikuttaa siihen, miten luontokohteet tunnistetaan ja rajataan. Erityisiä kohteita voivat olla esimerkiksi vesistöjen lähiympäristöt, lehdot, korvet, pienvedet, vanhat metsän osat tai muut luontoarvoiltaan tärkeät kohteet.
Säästöpuut ja lahopuu ovat tärkeä osa luonnonhoitoa. FSC-kohteella metsänomistajan ja urakoitsijan pitää tietää, mitä säästetään, missä rajat kulkevat ja miten työ tehdään niin, etteivät säästettävät kohteet vahingoitu.
Kohteet kannattaa merkitä kartalle ja tarvittaessa maastoon. Työmaalla pitää olla selvä ohje siitä, mitä voidaan käsitellä ja mitä ei. Jos urakoitsija havaitsee työmaalla uuden tai epäselvän luontokohteen, ohje pitää tarkistaa ennen työn jatkamista.