Liittyminen: Molempiin järjestelmiin liitytään usein ryhmäsertifioinnin kautta. PEFC voi tulla metsänomistajalle vastaan alueellisen ryhmäsertifioinnin tai metsätoimijan kautta, kun taas FSC liittyy usein puunostajan tai muun ryhmäsertifikaatin haltijan tarjoamaan ryhmään. Liittymisen ehdot riippuvat ryhmästä.
Luontokohteet ja suojelu: Molemmat järjestelmät edellyttävät luontoarvojen huomiointia. FSC voi edellyttää laajempia tai tarkempia suojeluun ja erityiskohteisiin liittyviä ratkaisuja. PEFC asettaa myös luonnonhoidon vaatimuksia, mutta vaatimusten painotus ja yksityiskohdat eroavat.
Säästöpuut ja lahopuu: Molemmissa huomioidaan säästöpuita ja lahopuuta. Käytännön määrä, laatu ja vaatimusten tulkinta voivat erota. Metsänomistajan ja urakoitsijan pitää tietää, minkä sertifikaatin vaatimuksia kohteella noudatetaan.
Vesistöt ja suojavyöhykkeet: Molemmat järjestelmät huomioivat vesistöt ja pienvedet. Suojavyöhykkeiden, käsittelyrajoitusten ja käytännön työohjeiden yksityiskohdat voivat erota. Epäselvissä tapauksissa ohje pitää pyytää sertifikaatin haltijalta, puunostajalta tai metsäasiantuntijalta.
Hakkuut ja metsänhoitotyöt: Sertifiointi vaikuttaa työohjeisiin, säästettäviin kohteisiin, dokumentointiin ja työn toteutukseen. Urakoitsijan pitää tietää, onko kohde PEFC-sertifioitu, FSC-sertifioitu vai molempia.
Puukauppa: Sertifioitu puu voi olla puunostajalle tärkeää. FSC-puulle voidaan joissain tilanteissa maksaa lisähintaa tai sitä voidaan kysyä erikseen, mutta lisähinta, kysyntä ja ehdot pitää varmistaa ostajalta.